Systeemtherapie wordt vaak gebruikt in situaties waarin problemen niet alleen een individu betreffen, maar ook hun relaties en interacties met anderen, zoals binnen families, koppels of andere sociale systemen. Het wordt ingezet bij gezinsproblemen om conflicten, communicatieproblemen en opvoedingskwesties aan te pakken, en bij relatieproblemen om ontrouw, communicatieproblemen en emotionele afstand te behandelen. Ook wordt systeemtherapie toegepast wanneer een individu psychische problemen ervaart, zoals depressie, angststoornissen of verslaving, waarbij de rol van het gezin of sociale systeem wordt onderzocht en behandeld. Bij gedragsproblemen van kinderen en adolescenten wordt systeemtherapie gebruikt om de familie- of schoolsystemen die mogelijk bijdragen aan het probleemgedrag te onderzoeken en te verbeteren. Daarnaast kan systeemtherapie helpen bij het verwerken van trauma of verlies binnen een gezin of hechte groep door gezamenlijk te rouwen en manieren te vinden om verder te gaan. Voor gezinnen die te maken hebben met chronische ziektes of handicaps, biedt systeemtherapie ondersteuning om beter met de uitdagingen om te gaan en de onderlinge steun te verbeteren. Het richt zich op de wisselwerking tussen mensen en hoe deze bijdraagt aan problemen, met als doel patronen te doorbreken en gezonde manieren van interactie te bevorderen.